칩 위에서 미니시퀀싱 반응과 보합반응 (sequence by hybridization)을 수행하는 기술과 그 결과를 2 color 내지 4 color scanner로 분석 함으로서 유전자의 염기서열과 변이를 분석할 수 있는 software를 응용하여 하나의 칩 위에서 다수의 암유전자 (oncogene) 및 종양억제유전자 (tumor suppressor gene)의 돌연변이 (mutation)과 함께 다수의 종양억제유전자의 프로모터 메틸화이상 (aberrant promoter methylation)을 분석하는 멀티플렉스 올리고 DNA칩 이다.
최근 다수의 체외 암 진단용 제품이 나와 있으나, 기존의 제품은 하나 내지 소수의 암표지항원이나 암단백질 마커, 암유전자 변화를 검색하므로, 다수의 유전자이상과 크론의 다양성이 특징인 암에 대한 진단 정확도에는 한계 (민감도와 특이도 양자 모두 약 50% 선이며)가 있으며, 특정한 암의 진단에만 가능하였다 (모든 암을 한가지 지표로 진단하는 것은 불가능함). 이에 대해 본사의 멀티플렉스 올리고칩은 암발생과 진행, 생존에 핵심이 되는 수십 종의 유전자를 동시에 분석하므로, 암 진단의 민감도와 특이도를 90%이상 극대화 시켰으며 대부분의 인체 10대 암의 진단을 가능하도록 하였다.
여타 암 관련 DNA chip은 대부분이 cDNA chip으로 유전자발현을 분석하는 연구용 칩 수준으로 암 진단에는 실제 도움이 되지 않았다. 이에 반해 본사의 멀티플렉스올리고칩은 다수의 암유전자 변이를 정확하게 검사 함으로서 암의 진단과 조기검진, 병기평가 및 예후예측, 치료방침 결정, 치료 후 추적조사 및 경과 파악에 모두 유용한 제품이다.
기존의 올리고칩은 히브리다이제이션 방식의 칩이어서 칩 위에 올려진 다수의 올리고 프로브의 반응조건을 동일하게 조정하는 것이 어려워서, 유전자 변이의 판독 정확도에는 한계가 있었다 (예컨대 Affymetrix사의 p53 gene chip의 경우 deletion이나 insertion 등 복잡한 변이는 진단치 못함). 이에 반해 굿젠의 올리고칩은 칩위에서 염기서열분석반응이 직접 일어나게 하여 A, C, G, T의 각 염기를 정확하게 식별하는 소위 sequencing type의 oligo DNA chip이므로 모든 종류의 변이를 정확하게 판독이 가능하다. 또한 기존의 올리고칩은 반응조건이 까다롭고, 시간이 많이 소요되며, 판독도 자동화되어 있지 않아서 임상적용에는 많은 무리가 있었다. 이에 반해 굿젠의 올리고칩은 반응조건이 용이하며 신속하고, 판독도 자동화되어 있다. 검체 채취 부터 판독까지 24시간 이내로 진단이 가능하다. 따라서 다수의 검체를 신속 정확하게 검사해야 하는 임상적 암 진단에 적용하기에 매우 적합하다.
프로모터 메틸화 (promoter methylation)를 조사하여 암을 진단하는 기존의 방법으로는 MSP-PCR와 자동염기분석법이 있다. 전자는 promoter의 CpG island중 일부만의 methylation을 보는 것으로 그 정확도에 한계가 있으며, 후자는 정확하나 한번에 한 유전자만 검사가 가능하며, 자동화가 어렵고 장시간이 소요된다는 단점이 있었다. 이에 대해 굿젠의 methylation genotyping chip은 다수 유전자에 대해 promoter CpG island의 중요부위 전체의 methylation여부를 검사하며, methylation의 정도를 알 수 있다. 따라서 다수 유전자의 프로모터 과메틸화 여부를 정확하고 신속하게 (반응 및 분석에 약 1시간 소요) 파악할 수 있어, 임상에 적용하기 적합하다. 또한 자체 개발한 software를 사용하여 일반적으로 사용 되는 있는 저렴한 2-color scanner로도 분석이 가능하도록 하였다. |